南山学園は現在、主に2系統の路線網を持つ。
【国際校】系統
・豊田線(2018年度より五ケ丘(いつつがおか)行きを廃止)
・浄水線
・貝津線(2016年度より保見線が保見行きから貝津行きに変更されたことにより登場。浄水線と統合されることもある)
【聖 霊】系統
・山口線
・竹越線
・守山瀬戸線
・藤が丘線
・上社線
・多治見線
・藤岡線
・植田線
・日進線
・みどり線
・豊田線(保見・伊保原経由)
・豊田線(三好ケ丘 経由 )
また、2017年3月31日までは以下の路線系統も存在した。
【南山大学瀬戸キャンパス】系統
・平針線
・本郷線
廃止理由:瀬戸キャンパスに存在した総合政策学部の名古屋キャンパス移転に伴う瀬戸キャンパス廃止のため。
日野 ブルーリボンシティ
三河200か・693
日野 レインボー
尾張小牧200か・697